Los microorganismos indicadores son organismos que permiten un enfoque de prevención de riesgos, puesto que advierten un manejo inadecuado y/o contaminación que incrementan el riesgo de presencia de microorganismos patógenos en alimentos. Su detección en el laboratorio es más sencilla, rápida y/o económica en comparación de la detección de los microorganismos patógenos. Puede haber casos en que no se detecte los microorganismos patógenos por razones circunstanciales como el clima o la cantidad de individuos infectados que están contaminando, a pesar de que el manejo del alimento implique el riesgo de que el patógeno aparezca en cualquier momento; la investigación de microorganismos patógenos en alimentos no facilita un enfoque preventivo. Por ello, las normas en materia de alimentos, generalmente establecen la calidad microbiológica en términos de microorganismos indicadores.